拍照与分析
一、目前切片分析使用的分析软件：
① Image-Pro Plus 6.0（Media Cybemetics,INC.,Rockville,MD,USA），分析格式：显微镜拍摄或者扫描文件上截取的单张图片（jpg格式）。
② 3D Histech Quant Center2.1 (3D Histech, Hungary)，分析格式：3D Histech 扫描仪扫描的文件。
③ Halo2.32（Indica labs，USA），分析格式：不同厂家的扫描文件3D Histech(MRXS)；莱卡(SCN, LIF)；蔡司(CZI)；奥林巴斯(VSI)；Aperio(SVS,AFI)；Ventana(BIF)；Hamamatsu(NDPI, NDPIS)）；共聚焦nd2格式图片；明场tiff，jpg格式照片；PE（Perkin Elmer）公司的荧光多色可拆分Tiff格式照片。
二、分析内容（如有除以下外其它分析要求可直接咨询）
1、组化/荧光分析【价格：组化/荧光普通切片20元/项/指标/切片（扫描是分析整张切片或一个特定区域，拍照是分析每张切片中3张照片）；芯片组化扫描结果分析200元/项/芯片（对每个点独立分析，总点数小于200个点）；芯片荧光扫描结果分析500元/项/指标/芯片（对每个点独立分析，总点数小于200个点）；芯片分析中如果要对每个点中特定区域单独分析，需提前说明，根据要求会加做组织分型或者人为圈定等工作，根据实际难易程度收取相关费用】
□面密度, IOD/待测区域组织面积（IPP）:同时测量阳性的IOD累积光密度值和待测量区域组织面积。
反应阳性多少和深浅，数值越大阳性越强。一般只在图片视野的分析中采用此项，全片扫描分析不采用。优点既考虑了阳性的面积以及阳性的深浅，以及视野中待测组织不充满整个视野的也不受到影响。
□阳性率，阳性细胞数/总细胞数（IPP/HALO）：分析阳性细胞数占总细胞数的比率，反应阳性细胞数量比率。分析软件无法区分不同细胞类型，计算的是视野中或者扫描全片中所有的阳性细胞和总细胞数量以及占比。所以此项适用于细胞类型较单一的情况。比如肿瘤组织中Tunel分析凋亡的肿瘤细胞比率，脾脏组织内CD3阳性T细胞比率。
□阳性细胞密度，阳性细胞数/待测区域组织面积（IPP/HALO）：分析阳性细胞数以及待测区域组织面积之比，反应单位面积内阳性细胞个数。比如肝组织中某类炎性细胞占比，代表性指标CD3、CD68等。此项适用于复杂细胞类型的时候，比较阳性细胞多少，常用于浸润型的炎症细胞中。
□阳性强度，各阳性点颜色深浅的平均值（HALO）：反应整张片子或者某个区域阳性的平均深浅度。明场为平均光密度（average optical density），荧光为平均强度（average intensity），数值越大阳性越强。适用性广，由于没有考虑阳性面积，在极端情况下，阳性点极少颜色都深时数据较大，阳性点极多但颜色浅时数据较小。可以结合阳性面积一起评价。
□阳性面积比，阳性面积/待测区域组织面积（IPP/HALO）：应用较少，不考虑阳性深染带来的影响，单纯的比较阳性面积占比。
□MVD，微血管数量/视野（IPP）：CD31、CD34微血管密度分析，测量单位面积内微血管数量。此项只在图片视野的分析中采用此项，全片扫描分析不采用。
□0-12评分：实验员在显微镜下或者扫描文件对免疫组化切片中的染色程度（0-3分）以及阳性率（0-4分）分别评分后相乘得到综合评分（0-12分）。具体如下，染色强度以目的细胞呈现染色特性计分：无着色为0分，淡黄色为1分，棕黄色为2分，棕褐色为3分，如下图所示。以细胞阳性比率进行评分：0～5%为0分，6%～25%为1分，26%～50%为2分，51%～75%为3分，>75%为4分。综合评分可用于划分阳性高低，便于统计，常用于癌和癌旁的生存分析中。
□H-Score，0-300分（3D）：使用3D扫描仪配套的分析软件Quant center对阳性深浅和多少进行打分，只能对DAB显色的棕黄色定量，数值越大阳性越强。H-SCORE=∑（PI×I）=（percentage of cells of weak intensity ×1)+(percentage of cells of moderate intensity ×2)+percentage of cells of strong intensity ×3),式中pi表示阳性细胞数量占切片中所有细胞数量的百分数；i代表着色强度。适用性广，扫描切片或芯片均可。
□荧光多标共定位分析（HALO）：测量整张片子或者指定区域多种指标单独通道的数据以及共定位的细胞数量以及比率（或者共定位面积以及比率，选其一）。
不同细胞空间距离分析（HALO）：主要用来研究肿瘤微环境，炎性细胞和肿瘤细胞之间的距离关系等。
□分析一种颜色标记的细胞周围多少微米范围之内另外一种颜色标记的细胞数量；
□测量不同颜色标记细胞之间的距离；
□以某处为界（如肿瘤坏死区边界，或者CD31标记的阳性血管）分析多少微米范围之内不同颜色标记的细胞数量（肿瘤CD3,CD4,CD8炎性细胞浸润分析较多）
2、病理分析 【价格：40元/切片（一张切片上一种组织为一个样）】
显微镜下观察切片或电脑浏览扫描文件，对该切片常见的病理改变如炎症、坏死、变性、增生以及纤维化等情况文字描述，并反映出片子之间的差异。报告大致分为四种类型。
□病理描述：每张切片提供相应典型视野图片，描述病理变化，并在word文档中用不同颜色箭头标注不同典型病变特征。适用于分组较少，每组片子数量较少的客户，不需要评分或者无评分标准的客户。
□病理评分：每张切片进行不同病变方面病理评分（评分标准需提前提供，某些评分会需要提供相应特殊染色切片），按分组提供相应典型视野图片，描述该组主要病理变化，在word文档中用不同颜色箭头标注不同典型病变特征。适用于分组较多，每组片子较多的客户。
□病理诊断：需要填写送样单，并提供实验的相关信息，大体图片等相关信息。给出具体判断结果。适用于动物肿瘤定性，家禽疾病等。
□病理检查报告：需要填写送样单，并提供分析方案以及实验的相关信息，大体图片，整体费用增加30%。签正式合同，保密协议等，从取材包埋开始均由本公司完成，结果出具正式报告，代表性图，统计结果，结论，原始结果等，并由兽医病理学博士、动物病理学家签字，附带资质证明。主要适用毒性安全评价或者CRO项目等。
3、形态测量分析【价格：每一小项单价20元/样（根据不同内容提供3-5个数据）；同时测量几个参数时，第一项20元/样，其他项10元/样】
HE染色中测量各类结构长、宽、面积、数量以及密度等常规数据。
肠：□小肠绒毛高度；□小肠绒毛宽度；□小肠隐窝深度；□单位面积内隐窝数量；□大肠肠腺深度；□肠粘膜层厚度；□肠肌层厚度；□肠壁总厚度；
肺：□肺小动脉血管管腔面积；□肺小动脉血管直径；□肺小动脉血管壁厚平均厚度；□单位视野内肺泡数NA；□单位视野内肺实质面积PA；□单位视野内肺泡间隔数NS；□支气管基底周径Pbm；□支气管腔面积；□支气管总管壁面积WAt；□支气管内壁面积WAi；□支气管平滑肌面积WAm。
卵巢：□卵巢面积；□初级卵泡数量；□次级卵泡数量；□窦状卵泡数量；□成熟卵泡数量；□黄体数量；□白体数量。该分析为扫描后整个卵巢切片计数。
皮肤：□单位面积内毛囊数量；□表皮厚度；□真皮厚度；□损伤深度；□损伤宽度。
血管：□血管面积；□血管直径；□管腔面积；□管腔直径；□内膜增生面积；□中膜厚度；□斑块面积。
脑：□海马单位面积锥体细胞数量；□脑室面积。
睾丸：□生精小管长短径；□生精小管周长；□生精小管面积；□单位视野间质细胞数量。
心：□横切心肌细胞面积；□横切心肌细胞直径；□横切心肌细胞密度；□心室壁厚度；□心腔面积。
肾：□肾小球面积；□肾小球内细胞数量。
肌肉：□横切肌纤维平均面积；□横切肌纤维直径；□横切肌纤维密度。
脂肪：□脂肪细胞平均面积；□脂肪细胞直径；□单位面积内脂肪细胞数量。
特殊染色中主要分析阳性面积以及占比或视野内阳性细胞个数
Masson：□胶原纤维面积/待测区域组织面积（HALO/IPP）；□胶原纤维IOD值（IPP）。
Sirius red：□胶原纤维面积/待测区域组织面积（HALO/IPP）；□偏振光下I型与III型胶原面积比率（IPP）。
油红O：□脂滴面积/待测区域组织面积（HALO/IPP）。
甲苯胺蓝（IPP）：□单位视野内肥大细胞密度；□半薄切片髓鞘直径；□半薄切片髓鞘厚度。
Trap（IPP）：□单位骨小梁长度上破骨细胞数量。
PAS（IPP）：□单位绒毛长度上杯状细胞数量；□肾小球基质PAS阳性面积/肾小球面积。
ATP（IPP）：□单位面积内Ⅰ型和Ⅱ型肌纤维数量。
高尔基（IPP）：□树突与同心圆交点数，单位长度上树突棘密度（1000倍）【拍照：60元/3个视野包含200×和1000×图片；分析：60元/3个视野】。
TTC（IPP）：□梗死区阳性面积/待测区域组织面积
主动脉大体油红（IPP）：□脂肪斑块阳性面积/血管组织面积。
Goldner（IPP）骨质疏松相关：□总组织面积T.Ar；□骨小梁面积Tb.Ar；□骨小梁周长Tb.Pm；□骨小梁面积百分比Tb.Ar；□骨小梁厚度Tb.Th；□骨小梁数目Tb.N；□骨小梁分离度Tb.Sp。
番红固绿（IPP）：
植物根：□根面积；□根直径；□外皮层厚度；□皮层细胞厚度；□内皮层细胞厚度；□中柱面积；□单位面积内导管数量；□中柱内木质部面积占比。
植物叶：□叶片厚度；□叶肉厚度；□角质层厚度；□上表皮细胞厚度；□下表皮细胞厚度；□栅栏组织厚度；□海绵组织厚度；□泡状细胞数量；□单位长度内叶脉数量；□中脉中心厚度。
植物果实：□角质层厚度；□表皮厚度；□亚表皮厚度；□表皮细胞平均面积；□亚表皮细胞平均面积；□表皮细胞长宽；□亚表皮细胞长宽；□果肉细胞平均面积。