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WB条带大小和蛋白预测八字不合?先检查这5点!
实验室玄学千千万，预测和结果不符占一半。
WB实验是各位同学们，时常光顾的一个实验。但就是这样一个初级又常用的实验，却会出现各种稀奇古怪的问题。比如在WB实验鉴定蛋白时，我们得到的蛋白质条带大小常常会和预测值有所偏差。这是身患“强迫症”的同学们不能忍的。如果是实验出错或者预测不准这种情况，小编是没办法跳出手机屏幕救你了。但这下面的 5 条准则，同学们倒是可以珍藏一下，在遇到蛋白质条带大小和预测值偏差的时候，拿出来分析一下。
一、内源性蛋白or重组蛋白
查问题要从源头查起，所以各位艾粉们要先看一看样品是内源性蛋白还是重组蛋白?
如果是内源性蛋白还不打紧，如果是重组蛋白，那么马上就要看一看重组蛋白是否为全长序列了。假如样品是重组蛋白，还不是全长序列，那么条带大小一定会和预测大小不一致。
二、多个 isoform 辨仔细
如果确定了样品是内源蛋白，那就要看看我们的目标蛋白是不是有其他的 isoform，这个我们通常会去查看 NCBI 或者 SWISSPROT 来确认。
三、剪切活化要注意
如果在 SWISSPROT 或者权威的文献里提到了，样品的这个蛋白需要剪切活化，那么结果又要和预测值不同啦。
四、成倍增长多聚体
如果蛋白大小和预测值有明显倍数关系，那就要考虑一下这个蛋白是不是二聚体或者多聚体啦。
五、蛋白修饰要变大
如果排除了以上 4 条原因，预测值和实验结果不一致，那就是因为我们面对的蛋白质，是个善变的对象，它不仅会剪切活化，还有在翻译表达后修饰。比如：比如甲基化、乙酰化、磷酸化、糖基化、烷基化、生物素化、谷氨酸化、甘氨酸化、硫酸化、异戊二烯化、硫辛酸化、磷酸泛酰巯基乙胺基化……。在不同状态下的蛋白质还会有不同的修饰。加入了官能团肯定会让蛋白质比预测值偏大。在日常的实验中，糖基化是比较常见的修饰，一般会导致跑出来的条带比预测值大那么一些。
总结：
1.确定蛋白是内源的还是外源的，如果是外源蛋白是不是全长序列;
2.SWISSPROT 数据库查询该蛋白是否有其他 isoform;
3.SWISSPROT 和文献查询蛋白质是否有剪切活化，剪切活化造成蛋白变小;
4.确定蛋白质是否是二聚体或多聚体。
5.NCBI 和 SWISSPROT 查询蛋白质表达后是否有修饰，如有修饰会导致蛋白质增大;
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